PSSM 是 Position-Specific Scoring Matrix 的缩写，中文常译为位置特异性评分矩阵（也常见“位点特异性打分矩阵/位置特异性计分矩阵”）。它是在生物信息学中用来表示序列比对或序列模体（motif）中每个位置对不同氨基酸/核苷酸的偏好程度的一种矩阵，常用于 PSI-BLAST、蛋白质家族 profile、保守位点分析等。
（在少数语境中 PSSM 也可能指其他缩写，但在科研与生信领域最常见的是上述含义。）
/ˌpiː ɛs ɛs ˈɛm/
A PSSM can improve sensitivity when searching for distant homologs.
PSSM 可以在搜索远缘同源序列时提高灵敏度。
By iteratively updating the PSSM from aligned sequences, the model captures position-specific conservation and variation.
通过从比对后的序列中迭代更新 PSSM，该模型能够刻画每个位置的保守性与变异性。
PSSM 属于首字母缩略词：由 Position-Specific（位置特异性）+ Scoring（评分）+ Matrix（矩阵）构成。这个术语随着 profile 方法与 PSI-BLAST 等迭代搜索技术的普及而被广泛使用，用来强调“不同位置有不同的打分规则”，而非使用统一的替换矩阵（如 BLOSUM）对所有位置一视同仁。
Select Language